秦国军队为基础，是帝国军队真正的精英（也有学者认为正卒专指这只军队）。另外三支军队根据其特点，姑且分别命名为长城军团，骊山军团，岭南军团。这几只军团（尤其是关中军团）的命运决定着帝国的命运。
一、岭南军团
岭南军团的统帅从屠雎到赵佗战绩都并不算太出彩，这只军队平定岭南地区后，即在当地驻扎。后来在秦末战乱时，封锁了五岭边界，没有参与和影响中原战事。
第一，这只军队的数量不可能达到50万，史记没有明确记载这只军队的数量，50万的来源是《淮南子》，钱穆认为此书一向酷爱信口开河，严谨性可疑。就岭南的战略地位而言，皇帝陛下砸下五十万的军队实在有点天方夜谭（想想看当年伐楚出六十万军队皇帝陛下就心疼的要死），如今历史学界大多采信十万左右的数字。估计将军队，移民，徭役，运输的人数加在一起可能有五十万。
第二，这只军队的素质应当为四大主力最差，因其主要是以步兵（材官）和水兵（楼船士）为主，几乎没有骑兵和车兵，所面对的对手主要是岭南的部落酋长的武装力量，但战绩却乏善可陈。
第三，这只军队之所以在秦末战乱时选择独立，并非一开始就是对帝国政府不怀忠心，而欲独立，很可能是因为紧靠岭南的东南地区原为楚国故地，在秦末动乱时为反叛最为严重剧烈的地区，而岭南军团权衡两方实力而不愿受东南地区叛乱波及，危及自身，故在战略上作出了自保的决定。
二、长城军团
长城军团是帝国北方边境的勇士长城，秦末战乱前沿长城布防以抗匈奴，平心而论，除开关中军团，长城军团实为帝国最精锐的部队，所部多有骑马控弦之士，相当一部分军队也是以老秦国军队为基础并且久经战阵。数量在最多时据史记记载达三十万，秦末战乱时在二十万上下。长城军团战绩显赫，始皇帝三十二年，蒙恬率三十万大军北伐匈奴不到一年的时间击退匈奴七百多里，夺取匈奴内蒙古河套地区，屯兵于榆林。此时离秦末战乱还不到四年。
秦末动乱发生后，长城军团第二任统帅王离（即王翦之孙）奉命领军南下平叛，长城军渡过黄河进入雁门关太原地区，后主要在燕赵旧地作战，先是在赵国叛将李良的配合下攻灭了武臣的赵国政权，后赵歇在齐国支持下重建赵国，长城军团的对手变成齐赵联军。公元前208年九月，长城军团一部分人秘密南渡黄河，与濮阳骊山军团联合，于定陶击败楚军，并杀死将军项梁。不过这已经是长城军团最后的辉煌了。
次年，长城军团围困齐赵联军与巨鹿，眼看骊山援军即将赶来，巨鹿破城在即，未料到项羽抢先一步破釜沉舟渡过漳河，切断了长城军团与骊山军团的联系，并在巨鹿城下给予师老兵疲的长城军团致命一击，最终主帅王离被俘虏，两位副帅一位战死，一位自杀，长城军团大部覆没，余部溃散。长城军团没落的最主要原因，在于缺少真正的帅才（比起蒙恬还有自己的爷爷，父亲，王离只能算是庸才）和运气不好（在当时任谁也想不到会杀出项羽这么一个二愣子）。
三、骊山军团
骊山军团是秦末战乱中新建的军团，数量大概在二十万上下，主帅是章邯。骊山军团取得了帝国平乱战争的最大胜利，也一手造就了平叛战争的最大失败，真可谓功首罪魁非两人，遗臭流芳本一身。
骊山军团于秦二世二年初编成，主体是关中地区的农民以及骊山刑徒，武器装备直接取自武库，骊山军团的编成由关中军团直接监督，可能也有一部分为关中军团成员，尽管史记记载骊山军团都是骊山刑徒，但是综合秦朝当时的实际情况及后来的研究成果，全部为骊山刑徒的可能性不大，骊山军团于二世二年初同关中军团击溃周章军并杀周章，继而出关于十二月攻陷张楚首都陈县，并消灭陈胜军主力，陈胜于城父被车夫所杀。再之后，在不到一年的时间内，骊山军团要一鼓作气，进入旧魏国地区，攻克魏国首都临济，平定魏国地区的叛乱，击败增援魏国的齐楚联军，杀死魏王田儋，二世二年九月，骊山军团会和长城军团于定陶击败楚军，杀死项梁，取得了平叛的最大胜利。
二世三年初，骊山军团几乎扑灭了黄河南岸的所有叛军，并渡过黄河，攻占旧赵国首都邯郸并围困赵王于巨鹿。骊山军团本准备配合长城军团围点打援，消灭六国援军。遗憾的是在巨鹿之战的最关键时刻，骊山军团未能顶住项羽军的猛攻而溃退，直接导致长城军团腹背受敌，粮道被断，最终造成了巨鹿之战的惨败。之后章邯统帅骊山军团退守安阳，至七月份，由于畏惧赵高迫害，章邯与骊山军团二十万人投降项羽。在新安，项羽坑杀二十万秦军，骊山军团彻底走入历史。
四、关中军团
关中军团是秦军之精锐，也是秦帝国最后的屏障。关中军团留下的资料不多且比较隐晦。但并不影响我们还原他的原貌。根据秦律，关中军团分为三个不同的部分：
1、郎中令军为皇帝的亲卫军官团，由九卿之一的郎中令统领，最多不会超过数千人，往往由帝国出身良好且政治忠诚的贵族中经过严格选拔而来，也是皇帝的后备武官库，实际上和常备军区别不大，负责皇宫内警卫及皇帝陛下的私人安全，类似于后来拿破仑的老近卫军一样的存在。当然和历史上的近卫军一样，这样显赫的位置和重要的权力一旦运用不当，也使其往往难以避免卷入血腥的宫廷角力之中，尤其当郎中令是赵高的时候。
2、卫尉军为皇宫保卫部队，准确来说负责皇宫宫门守备进出及咸阳都城宫门的防务，可类比后来的各种御林军和禁军。卫尉军由九卿之一的卫尉统领，卫尉的职能相当于后来的九门提督。卫尉军由旧秦帝国核心郡县选拔而来，数量不会少于一万人。
3、中尉军为内史（京师）地区的卫戍部队，由九卿之一的中尉统帅，中尉军于上面两只军队不同，中尉军是货真价实的担负野战任务的部队，同时中尉军还要负责内史地区防务和各个官署的守备监视等职责，中尉军从内史地区征召，人数应该不会少于五万人。之前的回答中，有提到戏之战，其实参战的主力不可能仅仅是骊山军团，否则很难想象若没有一只稳定可靠的武装力量，如何有效组织和武装几十万的刑徒和农民，而不至于引起骚乱。
很难想象刑徒大军在面对起义军时不会再次上演周灭商牧野之战的经典一幕，须知秦末之刑徒，实不会比商末之奴隶处境好太多。甚至有学者认为戏之战是由中尉军独立完成，骊山军团只是完成战役后期的追击溃敌的任务。但现在一般认为，对抗车骑千余，步卒十几万的起义军，是由中尉军和骊山军团联合实现的。之后，在二世三年八月，刘邦率军进入关中地区，秦王子婴刺杀赵高并执政，派遣中尉军于峣关阻击刘邦，被刘邦所击败，最后子婴投降刘邦，关中军团几乎没有怎么作战便放下了武器。