战争中是坚决的“主战派”，结果清军惨败，“洋务运动”多年成果虚掷，清帝国陷入空前的危机中。翁同龢主战，并不建立在对事实了解的基础上，而是他看出光绪想借此战扩张自己的权力，故主动奉迎君意。此外，翁同龢别有私心，刻意借此营造自己忠君、坚韧、不妥协的历史形象。
甲午败后，翁同龢千方百计逃避责任，将失败的原因推到李鸿章的头上，认为李接战不力，甚至提议将其斩首，此外还称慈禧太后修颐和园挪用了海军军费，其实北洋水师多年未添寸舰，完全是翁同龢等人裁撤相关经费的结果，却把污水泼到慈禧的头上，因此为“后党”深恨。
但罢免翁同龢，最终还是光绪的决定，一是此时光绪与康有为接触甚密，翁同龢为了争宠，向光绪进谗言，作为康有为的推荐者，此举实不高明，给光绪留下出尔反尔的印象;二是翁同龢以帝师自居，对光绪言语失礼，据时人记载称，一次与光绪争执，翁同龢竟持砚投光绪，虽未击中，但墨汁溅在光绪衣服上，此说虽属孤证，但翁的跋扈应属公开的秘密。那么，翁同龢为何脾气这么大?以往多从其性格方面加以解读，但从其日记看，可能也有疾病原因。
翁同龢一生多病，18岁便患严重足疾，“肝疾”更是折磨了他大半生，甚至彻夜刺痛，寝食难安，虽经多方治疗，却未有明显效果，值得注意的是，他的父亲翁心存也患“肝疾”，表现为耳鸣头眩，而翁同龢晚年也曾严重耳鸣。可见，翁家父子都有严重的高血压病，且翁同龢出生时，翁心存已40多岁，且翁同龢幼年时母乳不足，代以米汤，原本就有高血压家族病史，再加上先天不足，翁同龢的健康状况可想而知。
官场压力比较大，翁同龢又有高血压，加上医治无方，常服用人参等补药，且翁同龢应酬多，曾因吃得过饱与过量饮酒而加重病情，这些因素叠加起来，所以翁同龢特别爱生气，在他的日记中，有不少和侍妾、仆人发火的记载。翁同龢对自己的问题看得也很清楚，所以经常去寺庙散心，总提醒自己要“静坐”，可到了关键时，还是克制不住情绪，最终不得不出局