方荣祥（1946—），绩溪县人。他从小学到大学都在上海就读。1967年从上海复旦大学化学系毕业，进入中国科学院微生物研究所，从事分子生物学和遗传学（后期转向基因）的研究。先后任中国科学院植物生物技术开放实验室副主任、中国科学院微生物研究所副所长、中国科学院生物技术专家委员会副主任，所学术委员会主任，学位委员会主任，植物生物技术实验室主任，博士生导师。现任中国科学院微生物研究所研究员、所长，植物基因组学国家重点实验室主任。他于1979年和1985年先后赴比利时国立Gent大学分子生物学实验室进修和美国Rockefeller大学植物分子生物学实验室工作。
他在分析了流感病毒血凝素基因序列及其变异的特点，阐述了1968年香港流感病毒基因可能来自于动物流感病毒的观点。完成了花椰菜花叶病毒（新疆株）和水稻黄矮病毒基因组全序列分析，发现了弹状病毒中的一个新基因。研制成同时抗烟草花叶病毒和黄瓜花叶病毒的转基因烟草，在种植时间和规模上曾居国际领先；同样的策略还用于抗病毒辣椒的研制。在植物生物技术的基础研究方面，分析和改造了花椰菜花叶病毒35S启动子，研究结果被广泛应用；界定了水稻细胞壁蛋白GRP基因启动子中负责维管束特异表达的DNA序列；发现了融合CMV外壳蛋白多肽可大幅度提高外源蛋白的表达水平。
2003年当选为中国科学院院士。