战争中，中国军民伤亡人数在2100万以上”。而中国军事科学院编的《中国抗日战争》则说，“中国军队伤亡380余万人, 中国人民牺牲2000余万人, 中国军民伤亡总数达3500万人以上。”这个3500万的数字被沿用至今。
抗战爆发后两年，即1939年7月，国民政府就颁布了《抗战损失查报须知》，规定“人口伤亡查报办法”，“人口伤亡，除伤亡将士由军政部督同各部队调查外，概由各市县政府每遇敌军攻击或遇敌机轰炸后，由派员督同该管警察及保甲长，依照行政院颁发之《人口伤亡调查表》，逐户调查据实填载”，然后报行政院、省政府留存，对于该办法颁布前的人口损失，也要求各地“追查补报”。
因战时情势混乱，各地的伤亡调查工作很难展开，1945年10月，依照各地呈报的伤亡调查表，整理出的《人口伤亡报告表》上，显示平民伤亡仅516690人（重伤57851人、轻伤62272人、死亡396567人），显然与真实情况严重不符，所以内政部抗战损失调查委员会在统计战争伤亡人数时，只能进行估算。具体的估算方法是，在呈报伤亡调查表的各县中，选出昆山、南宁、邵阳等31县，将它们的“人口伤亡总数平均之，作为每次普通战斗人民伤亡之代表数”。
然后将战斗分为会战、重要战斗、小战斗三种，以“普通战斗代表数百分之十为小战斗之代表数，普通战斗代表数之十倍为每次重要战斗之代表数，普通战斗代表数之百倍为每次会战之代表数。”最后把“每省每种战斗之次数，分别乘以每种战斗之代表数，将所得次数相加后，再将后方各省实际报告本会之空袭伤亡数字分省加入”，得出民众伤亡总数。
依照以上方法，抗战损失调查委员会估算，民众重伤979003人、轻伤2240685人、死亡5390164人，合计8609852人，再加上军政部所报军人伤亡3405461人，总共是12015312人，委员会对这个结果并不自信，说“内中估计方法是否合理，数字是否适当，仍请专家多方研究指正。”
1947年2月，行政院实际公布的《关于抗战损失和日本赔偿问题报告》，参照了各省战后相继呈报的伤亡统计，其所披露的数字，与抗战损失调查委员会的估算略有不同。这份报告显示，军人伤亡3650405人、平民伤亡9134569人，合计12784974人。这个数字并不反映全国的人口伤亡情况，“系以东北各省市及台湾以外之中国领土为限，共军占据区域亦未计列在内。”
2、据学界研究修正，军民最少伤亡2288万，总数可能超4500万
至抗战胜利前的1945年3月，所谓的“共军占据区”约956960平方公里，人口9550万，抗战期间，各个根据地政权也进行过一些局部的人口伤亡调查，但和国统区一样，没有办法深入开展。
1945年7月，中共成立了中国解放区临时救济委员会，负责解放区抗战损失调查、灾民救济等工作。1946年6月，董必武致函行政院善后救济总署署长蒋廷黻，称“晋察冀、山东、冀热辽、晋绥、晋冀鲁豫、苏皖、中原等七个解放区不全面的材料的初步统计，在抗战八年中计：被敌伪杀死或被虐待伤病致死者三百二十万人，被敌俘捕者二百七十六万人，现有鳏寡孤独残废二百九十六万人”，也就是说，解放区的伤亡大约是892万人。
平民以外，中共领导的八路军、新四军和华南游击队，在抗战中290467人受伤，160603人死亡，45989人被俘，87208人失踪，共计584267人。至于东北、台湾和华侨的人口损失，依据学者袁成毅的研究，在九一八事变后，东北军伤亡、一二八淞沪会战和长城抗战的伤亡总数为63446人。在战争中，参加日军的台湾兵有53393人死亡或生死不明, 再加上受伤致残者2000人, 共55000人。此外日军制造“无人区”造成27万人死亡，发动细菌战造成27万人死亡，香港同胞在内的华侨伤亡有5332人。
以上几项数字，再加上国、共公布的军民伤亡情况，合计22888801人，为“较为可靠统计的最低限度的数目”。袁成毅据此认为，“考虑到1947年国民政府所公布的数据里国统区损失统计的保守性……中国军事科学院公布的3500万的说法绝对不是一个夸大的数据。”
为了得出更精确的人口损失情况，卞修跃进行了逐省调查，如查证四川省（含重庆大轰炸死亡人数）死亡22500人，受伤26000人，他还对劳工、伪军等以往被忽略的群体进行了伤亡统计，依照他的研究，中国有20620939人直接死于战争，14184954人被杀伤，5351073人被俘或失踪，以上总计40198559人。如果再加上河南饥荒等间接死于战争者，中国在抗战中可信的伤亡将超过4500万人。